מערכת יחסים זו עמדה במרכז המשפט. האם ניצל קסטנר את יחסיו עם אייכמן כדי להציל יהודים? או שמא קרה ההפך, ואייכמן ניצל את קסטנר כדי להקל על חיסול הקהילות היהודיות?
אחד מסלעי המחלוקת העיקריים היה פרשת הרכבת. אייכמן התיר לקסטנר למלא רכבת אחת ביהודים לפי בחירתו, ולהביאה לשווייץ הניטרלית. האם מכר קסטנר מאות אלפי יהודים להשמדה תמורת הצלתם של כמה מאות מקרוביו וידידיו? חסידי קסטנר הצביעו על העובדה שהיו ברכבת רבנים חשובים (ביניהם אנטי־ציונים, שיעצו לצאן מרעיתם להישאר בהונגריה ולסמוך על ה׳) ורבים אחרים, שלא היו להם שום יחסים עם קסטנר. בסך הכול ניצלו בדרך זו 1,864 איש ואישה.
אך המחלוקת העיקרית היתה סביב ההצעה המפלצתית של ״דם תמורת סחורה, סחורה תמורת דם״. אייכמן הציע ששליח מטעם קסטנר (אך לא קסטנר עצמו) יצא לאיסטנבול הניטרלית ויציע להנהגה הציונית עסקה: הצלת כל יהודי הונגריה - קרוב למיליון נפש - תמורת עשרת אלפים משאיות, שהצבא הנאצי נזקק להן נואשות. אייכמן הבטיח שאם המנהיגים הציונים ייתנו תשובה עקרונית חיובית, הוא יפסיק לאלתר את המשלוחים היומיים של היהודים לאושוויץ.
השליחות הוטלה על יואל ברנד, אחד מחברי ״ועדת ההצלה״, שבין אשתו לקסטנר נרקמו, לפי השמועות, יחסים אינטימיים. ברנד, ג׳ינג׳י נמוך קומה, אכן הגיע לאיסטנבול. אך במקום להישאר שם, כדרישתו המפורשת של אייכמן, הוא פותה על ידי השליחים הציונים לנסוע לסוריה, כביכול כדי להיפגש עם המנהיגים הציונים שם. אבל סוריה היתה כבושה בידי הבריטים, וברגע שברנד עבר את הגבול הוא נאסר על ידם והובא לקהיר, שהיתה אז בירת השלטון הבריטי במזרח התיכון.
בקהיר הופגש ברנד עם אישיות בריטית רמת מעלה. הוא האמין שזה היה הלורד מוין, שר בממשלה הבריטית וראש המערכת הבריטית באזור כולו. פגישה כזו לא נרשמה ביומניו של הלורד מוין, ואמונתו זו של ברנד לא הוכחה מעולם. אולם ברנד טען בתוקף כי הלורד הבריטי נפגש איתו, וכאשר מסר לו את הצעתו של אייכמן, תשובתו היתה: ״מיליון איש? מה אני אעשה איתם? איפה אשים אותם?״ סיפור זה תרם לא מעט להחלטת לח״י להתנקש בחיי הלורד מוין.
אחרי הפגישה - בין עם הלורד מוין, בין עם בריטי אחר - הוחזק ברנד במאסר. משלוחים היומיים של יהודי הונגריה לאושוויץ - כ־10 אלפים ליום נמשכו. לפי ״יד ושם״ נספו בשואה כ־550 אלף יהודים הונגרים.