Pendant la guerre de 1948, la confrontation a atteint son point culminant.
A la veille de la guerre, quelque 1 200 000 Arabes et environ 635 000 juifs vivaient en Palestine. Au cours de la guerre, engagée par la partie arabe pour empêcher la partition du pays, plus de la moitié des Palestiniens, environ 750 000 personnes, se sont trouvés déracinés. Certains ont été expulsés par l'armée israélienne victorieuse, d'autres ont fui quand la bataille s'est rapprochée de leur maison, comme le font les civils dans toutes les guerres.
En 1948, la guerre était une lutte ethnique, très semblable à celle qui a eu lieu en Bosnie. Dans de telles guerres, chaque partie essaie de mettre sur pied un Etat ethnique en conquérant le plus de territoire possible et en éliminant la population qui s'y trouve. Par respect des faits historiques, on doit mentionner que la partie arabe s'est comportée de la même façon et, dans les territoires qu'elle a conquis (la Vieille Ville de Jérusalem, le bloc Etzion), aucun juif n'est resté.
Immédiatement après la guerre, le nouvel Etat d'Israël refusa de permettre aux réfugiés de revenir dans les territoires conquis par lui. Le gouvernement Ben Gourion détruisit environ 450 villages arabes abandonnés et construisit à leur place des installations juives. Les nouveaux immigrants juifs - beaucoup venant de pays arabes - ont été logés dans les maisons abandonnées dans les villes arabes. C'est ainsi que le problème des réfugiés est né.
Alors que la guerre se poursuivait, l'Assemblée générale des Nations unies adoptait le 14 novembre 1948 la résolution 194. Celle-ci stipulait que les réfugiés pourraient choisir entre une compensation et le retour "dans leurs foyers". En refusant de se conformer à cette résolution, Israël a peut-être manqué