Dezember 1953: Ehrenbürgerschaft des palästinensisches Dorfes Abu Ghosh bei Jerusalem, in Anerkennung seines erfolgreichen Einsatzes gegen die Vertreibung der Dorfbevölkerung
Juni 1995: Erich-Maria-Remarque-Friedenspreis der Stadt Osnabrück
Oktober 1996: Ehrenbürgerschaft der Stadt Kafr Kassem, in Anerkennung seines Anteils an der Aufdeckung des Massakers von 1956
September 1997: Aachener Friedenspreis (zusammen mit Gush Shalom)
Januar 1998: Bruno-Kreisky-Preis für Verdienste um die Menschenrechte
Februar 1998: Niedersachsenpreis für hervorragende publizistische Leistungen
Juni 1998: Palästinensischer Preis für Menschenrechte, verliehen von der Palästinensischen Gesellschaft für den Schutz der Menschenrechte und der Umwelt (LAW), Jerusalem
Dezember 2001: Alternativer Nobelpreis (Right Livelihood Award) für Uri und Rachel Avnery sowie Gush Shalom
Mai 2002: Ehrenmitgliedschaft von Rachel und Uri Avnery in der Erich-Maria-Remarque-Gesellschaft der Stadt Osnabrück
Mai 2002: Carl-von-Ossietzky-Preis der Stadt Oldenburg
November 2003: Lew-Kopelew-Preis der Stadt Köln